В 1998 году был начат выпуск версии с трёхдверным кузовом. Автомобиль оснащался двигателем объёма 1,6 литра мощностью 105 л.с. На выбор предлагались пятиступенчатая механическая коробка передач либо клиноременный вариатор. Машина могла быть как переднеприводной, так и с приводом на все колеса. Для передачи крутящего момента на задние колеса служила система DPS.
В 1999 году появился пятидверный вариант. Двигатель мог теперь по выбору оснащаться системой VTEC и иметь мощность 124 л.с.
В 2001 году HR-V претерпел лёгкий рестайлинг, коснувшийся некоторых элементов внешней и внутренней отделки.
В 2003 году с производства была снята трёхдверная версия.
В 2006 году выпуск модели был прекращён.