Седан E46 появился в 1998 году и заменил предыдущую модель E36. Универсал и купе были введены в строй в 1999 вместе с новой разработкой BMW трансмиссией Steptronic (была доступна на всех моделях). Годом позже в 2000 появились кабриолет и M3, в 2001 начали продаваться 3-дверные хетчбэки.

Седан подвергся рестайлингу в конце 2001 года. Машина получила новые фары, бамперы и новые, более мощные двигатели. В марте 2003 года обновились кабриолет и купе, они также получили другие фары, бамперы и новые цвета окраски кузова.

Первыми с конвейера сняли хетчбэки Compact в 2004. В середине 2005 в связи с введением в строй E90 седаны E46 также были сняты с производства, а в конце того же года закончился выпуск универсалов. Выпуск E46 продолжался в кузовах купе и кабриолет, пока в конце 2006 года их не сменили следующие поколения купе E92 и кабриолет E93. Новое поколение купе M3 было представлено в марте 2007 на Женевском автосалоне.