Второе поколение Audi A6 дебютировало весной 1997 г. (несмотря на это модельный год уже 1998, так как предыдущее поколение выпускалось параллельно). Оно базировалось на новой платформе C5, кузов имел заводское обозначение 4B. Второе поколение Audi A6 выпускалось в кузовах седан и универсал (Avant), на его-же базе был разработан впоследствии Audi A6 Allroad quattro.

Новый стиль автомобиля стал «фирменным лицом» всей линейки автомобилей Audi. Новый кузов заслужил лестные отзывы за свой дизайн, который и по сей день не выглядит устаревшим, и позволил Audi A6 иметь очень низкий для автомобилей своего класса коэффициент лобового сопротивления 0,28. Всё это позволило конкурировать A6 с лидерами в своём классе BMW 5-Series и Mercedes-Benz E-Class, а журнал Car and Driver включал Audi A6 в десятку лучших автомобилей в 2000 и 2001 годах.

Также выпускались спортивные модификации автомобиля A6 — Audi S6 с двигателем 4.2 л., а также была более мощная модификация Audi RS6 с двигателем 4.2 л. с двумя турбонагнетателями мощностью 450 л.с., была выпущена и ограниченная серия Audi RS6 plus с двигателем 4.2 л. также с двумя турбонагнетателями со слегка увеличенной мощностью 480 л.с., модификация RS6 plus была доступна только в кузове «универсал».